Anıya dair tüm bileşenler alınmış ve artık duyarsızlaştırma için hazır hale gelinmiştir. 

Duyarsızlaştırmaya başlamadan önce şöyle bir uyarı yapılır:

“Bundan sonraki süreçte deneyimlediklerinizi basit bir şekilde kontrol edeceğiz. Neler olup bittiğini, çift yönlü uyarım sırasında neler geldiğini (anılar, sahneler, ses, koku vs., düşünceler, duygular ve beden duyumları) sizden kısaca öğrenmek isteyeceğim. Bazen bir şeyler değişecek, yeni şeyler gelecek, bazen de değişmeyecek. Size, 0-10 arasında nasıl hissettiğinizi zaman zaman soracağım, bu bazen değişecek bazen de değişmeyecek. Size aklınıza başka nelerin geldiğini sorabilirim, bazen bir şeyler gelecek bazen de gelmeyecek. Burada ‘olması gereken’ diye bir şey yok. Bu yüzden neler olduğuna dair olabildiğince doğru geri bildirimlerde bulunun, nasıl olması gerektiğini hiç düşünmeyin çünkü burada olması gereken bir şey yok. Bırak, ne olursa olsun, ne gelirse gelsin. Bir süre göz hareketlerini (sesi, dokunmayı) yapacağız, sonra da bununla ilgili konuşacağız.” (EMDR Çalışma Kağıdı)

ÇYU eşliğinde anıya erişim başlatılır. Bunun için danışana şöyle bir yönerge verilir: “Bu resmi ve o negatif kelimeleri yeniden zihninizde canlandırmanızı istiyorum, şimdi bunu bedeninizin neresinde hissettiğinizi fark edin ve parmaklarımı takip edin (ya da diğer çift yönlü uyarım).”  (EMDR 1. Düzey Eğitim Kitabı)

İşleme esnasında danışanın bir ayağı terapi odasının ve bugünün güvenliğinde iken bir ayağı da travmatik deneyimin yaşandığı andadır. Beyne verilen uyarımlar ile bir yandan travmatik anı işlenirken bir yandan da travmatik deneyim esnasında aktive olmayan beyinin ilgili alanları aktive olmaktadır. Böylelikle işlemleme devam ederken anı daha önceden var olan olumlu anı ağları, bilgiler ve bilişler ile bütünleşir. Danışan olumlu kendilik değerlerini fark etmeye ve içselleştirmeye başlar. Travmatik anı diğer anılar havuzundaki yerini alarak sindirilmiş/hazmedilmiş olur. 

Anının silinmesi gibi bir durum söz konusu olmamakla birlikte bazı uyaranlarda silikleşme olabilir (örneğin; danışan görüntüyü artık tam olarak getiremeyebilir). Böylelikle anı artık kişiyi rahatsız etmez ve tetiklenme durumunda ortaya çıkan istenmeyen tepkiler çıkmaz olur.  Temelde danışanın terapiden beklediği de budur. Danışan işlevselliğini bozucu yaşantıları ile baş etmek için terapiye başvurmuştur.  Uyarımlar arasında danışandan alınan geri bildirimlere göre terapist işleme sürecini yürütür. Gerektiği noktalarda yapacağı müdahalelerle travmatik anının tüm çağrışım kanallarında (duygu, düşünce, görüntü, beden duyumu) işlenmesini sağlar.  Tüm bunların neticesinde danışanın geçmişte yaşanan olayı değerlendirme biçimi değişikliğe uğrar. Bu yeni değerlendirme biçimi de bugüne ve geleceğe etki edecektir. EMDR’nin üç yönlü temel protokolü EMDR’nin güçlü ve önemli bir özelliğidir. Geçmiş sindirilmekte, bugündeki tetikleyiciler çalışılmakta ve geleceğe dair çalışmalar yapılarak kişinin sorunu bütüncül bir bakış açısı ile ele alınmaktadır.